大阪大学 大学院情報科学研究科 コンピュータサイエンス専攻 並列処理工学講座 萩原研究室 [English]
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学術論文

  1. Tomohiro Okuyama, Masao Okita, Takeshi Abe, Yoshiyuki Asai, Hiroaki Kitano, Taishin Nomura, and Kenichi Hagihara. ``Accelerating ODE-based Simulation of General and Heterogeneous Biophysical Models using a GPU''. IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems, Vol. 25, No. 8, pp. 1966--1975, (2014-08).
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  2. Yoshiyuki Asai, Takeshi Abe, Hideki Oka, Masao Okita, Ken ichi Hagihara, Samik Ghosh, Yukiko Matsuoka, Yoshihisa Kurachi, Taishin Nomura, and Hiroaki Kitano. ``A Versatile Platform for Multilevel Modeling of Physiological Systems: SBML-PHML Hybrid Modeling and Simulation''. Advanced Biomedical Engineering, Vol. 3, pp. 50--58, (2014-05).
    [DOI]

  3. Eric Heien, Yoshiyuki Asai, Taishin Nomura, and Kenichi Hagihara. ``Optimization Techniques for Parallel Biophysical Simulations Generated by insilicoIDE''. 情報処理学会論文誌:コンピューティングシステム, Vol. 2, No. 2, pp. 131--143, (2009-07).

国際会議録

  1. Yoshiyuki Asai, Takeshi Abe, Hideki Oka, Masao Okita, Tomohiro Okuyama, Kenichi Hagihara, Yoshihisa Kurachi, and Hiroaki Kitano. ``PhysioDesigner and Flint: a platform for multilevel modeling of physiological systems and simulation''. In 5th International Conference on Computational Bioengineering (ICCB 2013), Leuven, Belgium, (2013-09). 1 pages.

  2. Yoshiyuki Asai, Takeshi Abe, Hideki Oka, Masao Okita, Tomohiro Okuyama, Kenichi Hagihara, Samik Ghosh, Yukiko Matsuoka, and Hiroaki Kitano. ``A versatile platform for multilevel modeling of physiological systems: Template/instance framework for large-scale modeling and simulation''. In 35th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC'13), pp. 5529--5532, Osaka, Japan, (2013-07).
    [DOI]

  3. Tomohiro Okuyama, Masao Okita, Takeshi Abe, Yoshiyuki Asai, Taishin Nomura, Hiroaki Kitano, and Kenichi Hagihara. ``Accelerating General and Heterogeneous Biophysical Simulations Using the GPU''. In Poster in the 4th GPU Technology Conference (GTC 2013), San Jose, CA, USA, (2013-03).

  4. Yoshiyuki Asai, Takeshi Abe, Masao Okita, Tomohiro Okuyama, Nobukazu Yoshioka, Shigetoshi Yokoyama, Masaru Nagaku, Kenichi Hagihara, and Hiroaki Kitano. ``Multilevel modeling of Physiological Systems and Simulation Platform: PhysioDesigner, Flint and Flint K3 service''. In Proceedings of the 12th IEEE/IPSJ International Symposium on Applications and the Internet (SAINT 2012), pp. 215--219, Izmir, Turkey, (2012-07). Presented at the 3rd Workshop on High Speed Network and Computing Environments (HSNCE 2012).
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  5. Yoshiyuki Asai, Taishin Nomura, Hideki Oka, Takeshi Abe, Masao Okita, Ken-Ichi Hagihara, and Hiroaki Kitano. ``An Open Platform toward Large-scale Multilevel Modeling and Simulation of Physiological Systems''. In Proceedings of the 11th IEEE/IPSJ International Symposium on Applications and the Internet (SAINT 2011), pp. 250--255, Munich, Germany, (2011-07). Presented at the 2nd Workshop on High Speed Network and Computing Environments (HSNCE 2011).
    [DOI]

  6. Eric Heien, Masao Okita, Yoshiyuki Asai, Taishin Nomura, and Kenichi Hagihara. ``insilicoSim: an Extendable Engine for Parallel Heterogeneous Biophysical Simulations''. In Proceedings of the 3rd International Conference on Simulation Tools and Techniques (SIMUTools 2010), Malaga, Spain, (2010-03).

  7. Yasuyuki Suzuki, Yoshiyuki Asai, Toshihiro Kawazu, Masao Nakanishi, Yoshiyuki Taniguchi, Eric Heien, Kenichi Hagihara, Yoshihisa Kurachi, and Taishin Nomura. ``A Platform for in silico Modeling of Physiological Systems II. CellML Compatibility and Other Extended Capabilities''. In Proceedings of the 30th Int'l Conf. the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC 2008), pp. 573--576, Vancouver, British Columbia, Canada, (2008-08).
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  8. Taishin Nomura, Yoshiyuki Asai, Kenichi Hagihara, and Yoshihisa Kurachi. ``An open platform for physiome and systems biology: insilicoML and IDE as a CellML compatible model sharing environment''. In Proceedings of SIAM Conf. the Life Sciences (LS 2008), p. 16, Montreal, Quebec, Canada, (2008-08).

国内会議録(査読付)

  1. Eric Heien, Yoshiyuki Asai, Taishin Nomura, and Kenichi Hagihara. ``Optimization Techniques for Parallel Biophysical Simulations Generated by insilicoIDE''. 第9回ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム論文集(HPCS 2009), pp. 1--8, (2009-01).

口頭発表

  1. 角田優貴, 置田真生, 萩原兼一. ``数式の依存グラフを仕様とするOpenMPプログラムのメモリ参照効率向上''. 情報処理学会研究報告, 2016-HPC-155, (2016-08). 9 pages.

  2. 永井美穂, 置田真生, 安部武志, 浅井義之, 北野宏明, 萩原兼一. ``生体シミュレーションサービスFlint K3における高性能計算に向けて''. 情報処理学会第77回全国大会, (2015-03). 2 pages.

  3. 中村亜希, 吉川禎, 置田真生, 萩原兼一. ``大規模生体モデルを対象とする Flint シミュレーションコードの並列生成''. 平成26年度情報処理学会関西支部支部大会講演論文集, D-05, (2014-09). 7 pages.

  4. 吉川禎, 中村亜紀, 置田真生, 安部武志, 浅井義之, 北野宏明, 野村泰伸, 萩原兼一. ``汎用生体モデルの高速な並列シミュレーションのための階層的依存グラフの自動分割''. 情報処理学会研究報告, 2014-HPC-143, (2014-03). 7 pages.

  5. 大越雄一, 置田真生, 安部武志, 浅井義之, 北野宏明, 萩原兼一. ``GPU クラスタを用いた大規模生体シミュレーションにおける CPU・GPU 間データ転送の効率化''. 情報処理学会研究報告, 2013-HPC-140, (2013-08). 7 pages.

  6. Masao Okita, Tomohiro Okuyama, Takeshi Asai, Yoshiyuki Asai, Hiroaki Kitano, and Hagihara Kenichi. ``Towards massively parallel general biophysical simulation on the K computer''. In Poster in the 2nd HD Physiology International Symposium 2013, Tokyo, Japan, (2013-06).

  7. 浅井義之, 安部武志, 岡秀樹, 置田真生, 萩原兼一, 松岡由希子, Samik Ghosh, 倉智嘉久, 北野宏明. ``A platform for multilevel modeling of physiological systems: Template and instance framework for large scale models''. 生体医工学シンポジウム2012, 1-3-03, (2012-09).

  8. 吉川禎, 奥山倫弘, 置田真生, 浅井義之, 安部武志, 野村泰伸, 八木哲也, 萩原兼一. ``生体モデルにおける数式の類似性に着目したOpenMPによる並列シミュレーションの検討''. 第10回先進的計算基盤システムシンポジウム論文集(SACSIS 2012), (2012-05). 2 pages.

  9. 福井伸弥, 奥山倫弘, 置田真生, 安部武志, 浅井義之, 野村泰伸, 萩原兼一. ``並列生体シミュレータ insilicoSim におけるエージェント割り当て手法''. 2012年電子情報通信学会総合大会講演論文集, D-6-6, (2012-03). 2 pages.

  10. 置田真生, 奥山倫弘, 福井伸弥, 松井龍, 安部武志, Eric Heien, 浅井義之, 野村泰伸, 萩原兼一. ``異種混合生体シミュレータinsilicoSimの自動並列化''. 第24回バイオエンジニアリング講演会論文集, (2012-01). 2 pages.

  11. 津崎圭亮, 鳥野翔太, 岡本達秀, 置田真生, 萩原兼一, 野村泰伸, 林田祐樹, 八木哲也. ``In sillico 1次視覚野神経回路''. 第24回バイオエンジニアリング講演会論文集, (2012-01). 2 pages.

  12. Tomohiro Okuyama, Masao Okita, Takeshi Abe, Yoshiyuki Asai, Taishin Nomura, and Kenichi Hagihara. ``Accelerating General and Heterogeneous Biophysical Simulation Using the GPU Interpreter for Solving ODEs''. In Proceedings of the 4th Global COE International Symposium on Physiome and Systems Biology for Integrated Life Sciences and Predictive Medicine, (2011-11). 1 pages.

  13. 松井龍, 奥山倫弘, 置田真生, 安部武志, 浅井義之, 野村泰伸, 萩原兼一. ``汎用生体シミュレータinsilicoSimにおける生体モデル内の依存関係に着目したスケジューリング''. 平成23年度情報処理学会関西支部支部大会講演論文集, E-04, (2011-09). 7 pages.

  14. 奥山倫弘, 置田真生, 安部武志, 浅井義之, 野村泰伸, 萩原兼一. ``インタプリタ型汎用生体シミュレータinsilicoSimのGPUによる高速化''. 情報処理学会研究報告, 2011-HPC-130, (2011-07). 8 pages.

  15. 鈴木康之, 浅井義之, Eric Heien, 中西正夫, 浦井誉仁, 岡秀樹, 萩原兼一, 倉智嘉久, 野村泰伸. ``生体機能モデリング統合開発環境insilico IDEの開発''. 生体医工学シンポジウム2008講演予稿集, pp. 378--381, (2008-09).

  16. 浅井義之, 鈴木康之, 木戸善之, 岡秀樹, Eric Heien, 中西正夫, 萩原兼一, 倉智嘉久, 野村泰伸. ``生体生理機能の多階層的モデル記述言語insilicoML 1.0の開発''. 生体医工学シンポジウム2008講演予稿集, pp. 383--384, (2008-09).

  17. 浅井義之, 河津俊宏, 中西正夫, 鈴木康之, Eric Heien, 萩原兼一, 倉智嘉久, 野村泰伸. ``多階層性オブジェクト指向アーキテクチャを実装した生体機能モデリングプラットフォーム --- in silico IDE ---''. 第47回日本生体医工学会大会プログラム・抄録集, p. 652, (2008-05).

  18. 中西正夫, 浅井義之, Eric Heien, 萩原兼一, 野村泰伸. ``生体機能モデリング統合プラットフォーム(in silico IDE)を用いた脊髄神経回路網動態の大規模シミュレーション''. 第47回日本生体医工学会大会プログラム・抄録集, p. 506, (2008-05).

学位論文

  1. 石田祐二郎. ``並列プログラム生成系Flintにおけるベクトル型計算機SX-ACE向け高性能コードの生成''. 大阪大学基礎工学部卒業論文, (2017-02).

  2. 西川直樹. ``依存グラフ分割に基づく並列化におけるより細かい分割を利用した負荷分散の改善''. 大阪大学基礎工学部卒業論文, (2017-02).

  3. 中村亜希. ``生体機能シミュレータFlintにおける並列シミュレーションコード生成の高速化およびコードレベルでの初期値設定機能の実装''. 大阪大学大学院情報科学研究科修士論文, (2016-02).

  4. 角田優貴. ``数式の依存グラフを仕様とする並列プログラム生成系における生成プログラムのメモリ参照効率の向上''. 大阪大学基礎工学部卒業論文, (2016-02).

  5. 大越雄一. ``大規模生体モデルの分割変換および統合による単一GPU向けシミュレーションコード生成の高速化''. 大阪大学大学院情報科学研究科修士論文, (2015-02).

  6. 永井美穂. ``クラウド型生体シミュレーションサービスFlint K3のためのジョブ並列化の実装および並列度の推薦''. 大阪大学基礎工学部卒業論文, (2015-02).

  7. 吉川禎. ``汎用生体並列シミュレーションのための冗長計算を考慮した階層的依存グラフの分割''. 大阪大学大学院情報科学研究科修士論文, (2014-02).

  8. 中村亜希. ``大規模生体機能記述から抽出した階層的依存グラフに基づく並列シミュレーションコードの生成''. 大阪大学基礎工学部卒業論文, (2014-02).

  9. 大越雄一. ``汎用生体シミュレータFlitにおける遅延微分方程式ソルバのGPUへの実装''. 大阪大学基礎工学部卒業論文, (2013-02).

  10. 松井龍. ``生体機能記述言語ISMLのモデル構造に着目した時間発展型並列シミュレータの自動チューニング''. 大阪大学大学院情報科学研究科修士論文, (2012-02).

  11. 福井伸弥. ``動的エージェントモデルを対象とした並列生体シミュレータinsilicoSimの開発''. 大阪大学大学院情報科学研究科修士論文, (2012-02).

  12. 吉川禎. ``汎用生体モデルにおける数式の類似性に着目したシミュレーションコードの生成と評価''. 大阪大学基礎工学部卒業論文, (2012-02).

  13. Eric Martin Heien. ``Techniques for Parallel Simulation of Large Scale Heterogeneous Biophysical Systems''. Ph.D thesis, Graduate School of Information Science and Technology, Osaka University, (2010-01).